开始于上一季的三个月后，为了自己儿子的回来，强纳森去到山洞里，暂时得到了超人的能力，最终使儿子回到身边。克拉克和拉娜的感情起起落落，而他又学会了新的技能，离成为真正的超人只有一步之遥了！在最后一集，出现了一个神秘的女孩，她拥有比克拉克强大百倍的能力，她是来接克拉克回自己星球的。看着父亲因为自己受伤，他终于跟着女孩离开了。这季的结尾是伤感的，拉娜去了巴黎，克洛伊和她的爸爸在搬进新居后房子就爆炸了，而皮提也离开了SMALLVILLE。
3 - 1第 1 集 Oct. 01, 2003
3 - 2第 2 集 Oct. 08, 2003
3 - 3第 3 集 Oct. 15, 2003
3 - 4第 4 集 Oct. 22, 2003
3 - 5第 5 集 Oct. 29, 2003
3 - 6第 6 集 Nov. 05, 2003
3 - 7第 7 集 Nov. 12, 2003
3 - 8第 8 集 Nov. 19, 2003
3 - 9第 9 集 Jan. 14, 2004
3 - 10第 10 集 Jan. 21, 2004
3 - 11第 11 集 Jan. 28, 2004
3 - 12第 12 集 Feb. 04, 2004
3 - 13第 13 集 Feb. 11, 2004
3 - 14第 14 集 Feb. 18, 2004
3 - 15第 15 集 Feb. 25, 2004
3 - 16第 16 集 Mar. 03, 2004
3 - 17第 17 集 Apr. 14, 2004
3 - 18第 18 集 Apr. 21, 2004
3 - 19第 19 集 Apr. 28, 2004
3 - 20第 20 集 May. 05, 2004
3 - 21第 21 集 May. 12, 2004
3 - 22第 22 集 May. 19, 2004