第二季的故事紧接着第一季，在Finch被神秘的Root小姐绑架以后，“西装男”John Reese只得求助于他在纽约警局凶杀科的侦探朋友们Carter以及Fusco的帮助，经过缜密调查，终于将Finch救出，却被Root逃脱。看似恢复如初的生活，其实暗藏危机。除了，一心想要把Finch的程序公开化的Root以外，他们还要找出HR真正的幕后黑手。另一方面，联邦调查局和中央情报局都在不遗余力地想要找出John。只要机器存在一天，这个城市仿佛从来不让他们休息….
2 - 1应急方案 Sep. 27, 2012
2 - 2错误代码 Oct. 04, 2012
2 - 3伪装 Oct. 18, 2012
2 - 4刺客 Oct. 25, 2012
2 - 5追踪报道 Nov. 01, 2012
2 - 6正道 Nov. 08, 2012
2 - 7危急时刻 Nov. 15, 2012
2 - 8至死不渝 Nov. 29, 2012
2 - 9货到付款 Dec. 06, 2012
2 - 10陈列框 Dec. 13, 2012
2 - 11圆周 Jan. 03, 2013
2 - 12囚徒困境 Jan. 10, 2013
2 - 13航迹推算 Jan. 31, 2013
2 - 14百分之一 Feb. 07, 2013
2 - 15预订一空 Feb. 14, 2013
2 - 16相关人员 Feb. 21, 2013
2 - 17身份难测 Mar. 07, 2013
2 - 18全押 Mar. 14, 2013
2 - 19特洛伊木马 Apr. 04, 2013
2 - 20濒死之际 Apr. 25, 2013
2 - 21零日 May. 02, 2013
2 - 22上帝模式 May. 09, 2013